6月23日，台湾地区流行疫情指挥中心公布：台湾新增104例本土病例；确诊个案中新增24例死亡；全台三级疫情警戒管制期再度延长至7月12日。
新增本土病例为45例男性、59例女性，年龄介于未满5岁至80多岁，发病日介于6月10日至22日。24例死亡个案为男性15位、女性9位，年龄介于40多岁至80多岁，死亡日介于6月13日至21日。
因为社区感染风险还没有消除，指挥中心第三次宣布延长台湾三级疫情警报。在此之前，指挥中心已于5月15日将台北、新北两地疫情警报提升至3级，5月19日起将3级警报扩大至全台，5月25日将3级警报扩大至6月14日，6月7日宣布延长三级警戒至6月28日。
指挥中心就近日台湾地区有6例确诊案例输入厦门一事表示，这6例包括5名女性和1名男性。其中4人在5月间确诊，应是确诊后经隔离治疗出院的个案，被检出应是处在时阴时阳阶段；另有1人5月中旬曾采检为阴性，之后也进行了隔离，可能是先前已确诊或是隔离期间确诊的个案，6月14日再次采检为阴性；还有1人5、6月间曾两次采检，均为阴性。
根据指挥中心的统计，截至目前台湾地区累计14260例新冠肺炎确诊病例，包括本土病例13041例；确诊个案中共有599例死亡。